Los brotes jóvenes de los juníperos contienen aceite esencial (1-3%): sabinol, sabineno; taninos, podofilotoxina (0,2%), cumarinas, sabinina. Destaca como acción farmacológica la emenagoga. A dosis mayores, son emetocatárticos, oxitócicos. En uso externo, el aceite esencial es vesicante y queratolítico, por lo que se emplea como antiverrugoso. Las hojas son diuréticas y antirreumáticas, además de útiles en el tratamiento de neuralgias musculares y artritis. Las bayas contienen un aceite esencial rico en principios activos (pineno y borneol), inositol, un glucósido (flavona), juniperina y un principio amargo; tienen numerosas propiedades: tónicas, balsámicas, expectorantes, antisépticas, sudoríficas, estomacales y digestivas, y son también muy adecuadas para tratar desórdenes de riñón y vejiga, contra la gota y reumatismo, en afecciones de oídos, y reducción de los niveles de colesterol y azúcar. En uso interno, sobre todo las bayas, pueden provocar trastornos digestivos y nerviosos. Es un peligroso abortivo, provocando con frecuencia la muerte de la madre antes de la expulsión del feto.
El enebro es útil en aplicaciones homeopáticas, pero también en la preparación de platos, licores, como condimento aromático para carnes, etc. En general son las bayas (nebrinas) las que se utilizan con mayor frecuencia, las negro-azuladas son de uso imprescindible y elemento principal en la preparación de conocidas ginebras.